مجمع تشخیص مصلحت نظام بر طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران وظایف متعدد و متنوعی را عهده دار است که گردش کار مربوط به هریک از وظایف به ترتیب زیر می باشد. بر طبق اصل 112 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران
"مجمع تشخیص مصلحت نظام برای تشخیص مصلحت در مواردی که مصوبه مجلس شورای اسلامی را شورای نگهبان خلاف موازین شرع و یا قانون اساسی بداند و مجلس با در نظر گرفتن مصلحت نظام نظر شورای نگهبان را تامین نکند" ، موضوع از طریق مجلس شورای اسلامی به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارجاع می گردد.
نمودار زیر اقدامات و مراحل منجر به ارجاع موضوع به مجمع تشخیص مصلحت، رسیدگی و تصمیم گیری در مجمع را نشان می دهد.